Tata Cara Pengaduan diatur dalam Peraturan Mahkamah Agung RI Nomor 9 Tahun 2016 Tentang PEDOMAN PENANGANAN PENGADUAN (WHISTLEBLOWING SYSTEM) DI MAHKAMAH AGUNG DAN PERADILAN YANG BERADA DIBAWAHNYA.
 Untuk lebih lengkapnya dapat diunduh padaJDIH MA RI.

Pengaduan dapat disampaikan melalui:
a.  aplikasi SIWAS MA-RI pada situs Mahkamah Agung;
b. layanan pesan singkat/SMS;
c. surat elektronik (e-mail);
d. faksimile;
e. telepon;
f. meja Pengaduan;
g. surat; dan/atau
h.  kotak Pengaduan.

Dalam hal Pengaduan diajukan secara lisan;
a. Pelapor datang menghadap sendiri ke meja Pengaduan, dengan menunjukkan indentitas diri.
b. petugas meja Pengaduan memasukkan laporan Pengaduan ke dalam aplikasi SIWAS MA-RI
c.  petugas  meja  Pengaduan  memberikan  nomor register  Pengaduan  kepada  Pelapor  guna  memonitor tindak lanjut penanganan Pengaduan.

Dalam hal Pengaduan dilakukan secara tertulis, memuat:
a. identitas Pelapor;
b. identitas Terlapor jelas;
c. perbuatan yang diduga dilanggar harus dilengkapi dengan waktu dan tempat kejadian, alasan penyampaian Pengaduan, bagaimana pelanggaran itu terjadi misalnya, apabila perbuatan yang diadukan berkaitan dengan pemeriksaan suatu perkara, Pengaduan harus dilengkapi dengan nomor
perkara;
d. menyertakan bukti atau keterangan yang dapat mendukung Pengaduan yang disampaikan misalnya, bukti atau keterangan ini termasuk nama, alamat dan nomor kontak pihak lain yang dapat dimintai keterangan lebih lanjut untuk memperkuat Pengaduan Pelapor; dan
 e.  petugas  Meja  Pengaduan  memasukkan  laporan Pengaduan  tertulis  ke  dalam  aplikasi  SIWAS  MA-RI dengan  melampirkan  dokumen    Pengaduan. Dokumen  asli  Pengaduan  diarsipkan  pada Pengadilan yang bersangkutan dan dapat dikirim ke Badan Pengawasan apabila diperlukan.

Dalam  hal  Pengaduan  dilakukan  secara  elektronik,
memuat:
a. identitas Pelapor;
b. identitas Terlapor jelas;
c. dugaan perbuatan yang dilanggar jelas, misalnya perbuatan yang diadukan berkaitan dengan pemeriksaan suatu perkara maka Pengaduan harus dilengkapi dengan nomor perkara;
d. menyertakan bukti atau keterangan yang dapat mendukung Pengaduan yang disampaikan. Misalnya bukti atau keterangan termasuk nama jelas, alamat dan nomor kontak pihak lain yang dapat dimintai keterangan lebih lanjut untuk memperkuat Pengaduan Pelapor.
 e.  meskipun Pelapor tidak mencantumkan identitasnya secara lengkap, namun apabila informasi Pengaduan logis  dan  memadai,  Pengaduan  dapat ditindaklanjuti.

Tata Cara Pengiriman

Pengaduan  disampaikan  kepada  Mahkamah  Agung,  satuan kerja  eselon  I  pada  Mahkamah  Agung,  Pengadilan  Tingkat Banding  atau  Pengadilan
Tingkat  Pertama  secara  lisan  dan tertulis  melalui  Meja  Pengaduan  pada  Mahkamah  Agung, satuan  kerja  eselon  I  pada  Mahkamah  Agung,  Pengadilan Tingkat  Banding  atau  Pengadilan  Tingkat  Pertama  dan/atau secara elektronik melalui aplikasi SIWAS.